Construído com as pedras do antigo e abandonado mosteiro da Misericórdia da Berlenga, foi edificado o forte São João Baptista das Berlengas. Não se sabe a data exacta do começo das obras mais se calcula que seria arredor do 1650. O objectivo do forte era proteger aquele ponto estratégico do litoral e dar apoio a os navegantes.
Foi no ano de 1655 quando ainda em construção, resistiu com sucesso ao seu primeiro assalto, ao ser bombardeada por três embarcações de bandeira turca.
Mais a batalha mais relevante da história do forte foi a ocorrida no ano 1666 no contexto da tentativa de rapto da princesa francesa Maria Francisca Isabel de Sabóia, noiva de Afonso VI (1656-67), uma esquadra espanhola integrada por 15 embarcações intentou a conquista do forte, defendido por um efetivo de pouco mais de duas dezenas de soldados sob o comando do Cabo Antônio Avelar Pessoa. Numa operação combinada de bombardeio naval e desembarque terrestre os atacantes perderam, em apenas dois dias, 400 soldados em terra e 100 nos navios (contra um morto e quatro feridos pelos defensores), sendo afundada a nau Covadonga e sériamente avariadas outras duas, afundadas no regresso a Cádiz. Traída por um desertor, sem mais munição e mantimentos, a praça finalmente se rendeu perdendo nove das peças da sua artilharia capturadas pelos invasores.
Ao tempo da Guerra Peninsular foi utilizada, como base de apoio pelas forças inglesas, numa campanha de guerrilha na qual colaborou ativamente a população de Peniche.
Durante a Guerra Civil Portuguesa (1828-1834), a fortaleza encontrava-se em mãos dos partidários de Miguel I de Portugal (1828-1834). Com deficiência de artilharia, entretanto, não resistiram diante do assalto dos liberais que a utilizaram como base para o assalto à cidadela de Peniche, reduto dos miguelistas.
Sem maior valor militar, diante da evolução dos meios bélicos no século XIX, foi desartilhada (1847) e abandonada passando a ser utilizada como base de apoio para a pesca comercial.
Em meados do século XX foi parcialmente restaurada e aberta ao turismo adaptada como pousada. Actualmente funciona apenas como casa-abrigo, sob a gestão da Associação dos Amigos das Berlengas.
Certamente estos muros respiram história que quem lá foi da fé disto tanto a ilha como o forte som um lugar ideal para quem busca paz e sossego e ate o barulho das gaivotas (donas da ilha) tornasse agradável. Quem goste de mergulho tampouco pode deixar escapar a oportunidade de visitar a ilha onde a uma fauna marina excepcional.
